В настоящее время ЦУП ГП КС решает важные задачи по управлению и мониторингу спутников ФГУП «Космическая связь» в Московском регионе, на Дальнем Востоке и в Сибири с использованием высокотехнологичной инфраструктуры. Под руководством ЦУП находятся все космические аппараты (КА) ГП КС на дуге геостационарной орбиты от 14 градусов западной до 145 градусов восточной долготы.
Центр Управления полетами появился в 2003 году. Он позволил ГП КС взять под свое руководство контроль и управление собственными космическими аппаратами, что значительно повысило качество управления спутниками (надежность, оперативность, своевременность принятия решений и точность команд управления), свело к минимуму технологические перерывы связи, а также повысило коммерческую привлекательность спутниковой орбитальной группировки предприятия. Благодаря наземному комплексу управления космическими аппаратами ГП КС (НКУ) уже 15 лет решаются задачи управления, контроля и поддержания заданных технических и баллистических характеристик обновленной орбитальной группировки ГП КС. НКУ обеспечивает свои функции в процессе ввода спутников в состав орбитальной группировки и выполнения ими целевой программы во всех режимах полета.
В рамках реализации Программы обновления спутниковой группировки ГП КС к декабрю 2003 года специалисты предприятия развернули собственный современный комплекс управления спутниками гражданского назначения на базе технических средств в Москве (ЦУП), в Дубне и Железногорске. Первым спутником под управлением ЦУП ГП КС стал космический аппарат «Экспресс-АМ22». Это первый спутник новой серии «Экспресс-АМ». Его запустили 29 декабря 2003 года. На каждом этапе выведения КА «Экспресс-АМ22» на геостационарную орбиту специалисты ГП КС осуществляли контроль и управление всеми системами аппарата. Затем единый наземный комплекс управления спутниками обеспечил непрерывный контроль за состоянием бортовых систем нового КА в процессе его эксплуатации на геостационарной орбите.