В ходе выполнения плавания сезонным составом РАЭ и научно-технической службой НЭС «Академик Федоров» будет проводиться большой объем попутных научных исследований по океанологии, гидробиологии, озонометрии, гидрографии, ледоведению и другим направлениям наук о Земле. В программу работ 62-й РАЭ включено 59 различных научных проектов, представленных специалистами 29 научно-исследовательских, научно-образовательных и научно-производственных организаций Росгидромета, Роснедр, Росреестра, Росрыболовства, Роскосмоса, Минобрнауки России, Минобороны России, ФАНО России, научно-исследовательского центра «Курчатовский институт» и «Сколковский институт науки и технологий». Кроме того, участие в экспедиции примут ученые Австралии, Республики Беларусь, Бразилии, Германии, Испании, КНР, США, Швейцарии и Чили.
В целом программа 62-й РАЭ сохраняет преемственность направлений работ, сложившихся в прошлые годы, имея при этом ряд особенностей. Так в декабре 2016 года планируется возобновление буровых операций на нижних горизонтах глубокой ледяной скважины на внутриконтинентальной станции Восток, а также подготовительные работы к установке нового оборудования наземного сегмента спутниковой навигационной системы ГЛОНАСС на станциях Новолазаревская, Прогресс и Мирный.